Michael Klein (* 1964 in Wissen) ist ein deutscher Kirchenhistoriker und evangelischer Pfarrer.

Michael Klein studierte zwischen 1983 und 1990 evangelische Theologie an der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität in Bonn und an der Ruprecht-Karls-Universität in Heidelberg. Nach dem ersten theologischen Examen bei der Evangelischen Kirche im Rheinland bestand er nach zweijährigem Vikariat dort 1992 auch das zweite theologische Examen. Ab 1993 war er in Hamm im Landkreis Altenkirchen Pastor im Hilfsdienst. Nach seiner Ordination 1994 wurde er 1995 zum Pfarrer der Kirchengemeinde gewählt.

Nebenberuflich schrieb er seine Dissertation über das Leben, Werk und die Nachwirkung des Genossenschaftsgründers Friedrich Wilhelm Raiffeisen am Diakonie-Wissenschaftlichen Institut in Heidelberg und absolvierte dort ein Aufbaustudium der Diakoniewissenschaften. Dieses Studium schloss er 1996 mit dem Diplom ab.

2003 habilitierte er im Fachbereich Kirchengeschichte an der Kirchlichen Hochschule Wuppertal/Bethel und erhielt im selben Jahr die Lehrberechtigung. 2004 promovierte er zum Doktor der Philosophie an der Fernuniversität in Hagen und hatte Lehraufträge in Wuppertal und in Heidelberg. 2007 erhielt er an der Ruprecht-Karls-Universität eine Vertretungsprofessur für Historische Theologie der Neuzeit. Seit 2010 ist er dort als außerplanmäßiger Professor für Kirchengeschichte berufen.

Seine Forschungsschwerpunkte sind im Bereich der Reformation die Sozialordnung zu der Zeit und das Verhältnis des Islam zu dieser. Weitere Schwerpunkte sind der soziale Protestantismus im 19. und 20. Jahrhundert und der politische Protestantismus im 20. Jahrhundert.
Er ist Mitglied in Wissenschaftlichen Gesellschaft für Theologie und in der Gesellschaft für Äußere und Innere Mission im Sinne der evangelisch-lutherischen Kirche.

Er ist Mitglied im Kuratorium der Deutschen Friedrich-Wilhelm-Raiffeisen-Gesellschaft. Bei den 2. Weyerbuscher Gesprächen 2008 der Westerwald Bank im Raiffeisen-Begegnungszentrum wurde er als ausgewiesener Raiffeisenkenner bezeichnet.